قرار دادن وقایع تکاملی در زمینه زمان زمین شناسی یک هدف اساسی در دیرینه شناسی و کلان است. در این عنصر مدل سه جانبه مورد استفاده برای برآورد بیزی از درختان فیلوژنتیک کالیبره شده زمان را توصیف می کنیم. این مدل را می توان به راحتی در مدل های کامپوننت آن جدا کرد: مدل جایگزینی ، مدل ساعت و مدل درخت. ما یک مرور کلی از مدلهای پرکاربرد برای هر مؤلفه ارائه می دهیم و مزایای اجرای مدل سه جانبه را در یک چارچوب بیزی برجسته می کنیم.

کلید واژه ها

گزینه های دسترسی

با استفاده از یکی از گزینه های دسترسی در زیر ، به نسخه کامل این محتوا دسترسی پیدا کنید.(گزینه های ورود به سیستم دسترسی به نهادی یا شخصی را بررسی می کنند. در صورت عدم دسترسی ، محتوا ممکن است نیاز به خرید داشته باشد.)

خرید

عنصر خرید

منابع

Abadi ، S. ، Azouri ، D. ، Pupko ، T. ، & Mayrose ، I. (2019). انتخاب مدل ممکن است یک مرحله اجباری برای بازسازی فیلوژنی نباشد. ارتباطات طبیعت ، 10 (1) ، 934. Google Scholar

Alvarez-Carretero ، S. ، Goswami ، A. ، Yang ، Z. ، & Dos Reis ، M. (2019). برآورد بیزی از زمان واگرایی گونه ها با استفاده از شخصیت های کمی همبسته. زیست شناسی سیستماتیک ، SYZ015. doi: https://doi.org/10. 1093/sysbio/syz015google Scholar

Andújar ، C. ، Soria-Carrasco ، V ، Serrano ، J. ، & Gomez-Zurita ، J. (2014). تست هماهنگی فرضیه های کالیبراسیون ساعت مولکولی بر اساس مقایسه فاکتور Bayes. روشهای موجود در بوم شناسی و تکامل ، 5 (3) ، 226 - 242. doi: https://besjouals. onlinelibrary. wiley.com/doi/abs/10. 11111/2041-210x. 12151Google Scholar

Aris-Brosou ، S. ، & Yang ، Z. (2002). تأثیر مدل های تکامل نرخ بر تخمین تاریخ واگرایی با مراجعه ویژه به فیلوژنی RNA ریبوزومی متازوآن 18S. زیست شناسی سیستماتیک ، 51 (5) ، 703 - 714 . crossrefgoogle ScholarPubmed

Aris-Brosou ، S. ، & Yang ، Z. (2003). مدل های بیزی از تکامل اپیزودیک از تنوع انفجاری در اواخر پرکامبرین از متازوا پشتیبانی می کنند. زیست شناسی مولکولی و تکامل ، 20 (12) ، 1947 - 1954 . CrossrefGoogle ScholarPubmed

Bapst ، D. W. ، Schreiber ، H. A. ، & Carlson ، S. J. (2017). تجزیه و تحلیل ترکیبی از Rhynchonellida موجود (Brachiopoda) با استفاده از داده های مورفولوژیکی و مولکولی. زیست شناسی سیستماتیک ، 67 (1) ، 32 - 48. doi: https://doi.org/10. 1093/sysbio/syx049crossrefgoogle Scholar

Barido-Sottani، J.، Aguirre-Feández، G.، Hopkins، M. J.، Stadler، T.، و Waock، R. C. M. (2019). نادیده گرفتن عدم قطعیت سن چینه شناسی منجر به تخمین های اشتباه زمان واگرایی گونه ها در فرآیند تولد-مرگ فسیل شده می شود. Proceedings of the Royal Society B , 286 ( 1902 ), 20190685 . CrossRefGoogle ScholarPubMed

Barido-Sottani, J., Bošková, V., du Plessis, L., et al.(2018). رام کردن جانور؟منبع مواد آموزشی جامعه برای BEAST 2. زیست شناسی سیستماتیک , 67 ( 1 ), 170 - 174 . CrossRefGoogle ScholarPubMed

Barido-Sottani، J.، Pett، W.، O' Reilly، J. E.، و Waock، R. C. M. (2019). FossilSim یک بسته R برای شبیه سازی داده های وقوع فسیلی تحت مدل های مکانیکی حفظ و بازیابی. Methods in Ecology and Evolution , 10 ( 6 ), 835 840 . CrossRefGoogle Scholar

Barido-Sottani، J.، Vaughan، T. G. و Stadler، T. (2020). یک مدل مرگ تولد چند حالته برای استنباط بیزی از نرخ تولد و مرگ و میر خاص دودمان. زیست شناسی سیستماتیک، 69 (5)، 973 - 986. doi: https://doi.org/10. 1093/sysbio/syaa01CrossRefGoogle Scholar

Beaulieu, J. M., Jhwueng, D. -C., Boettiger, C., & O’ Meara, B. C. (2012). مدل سازی انتخاب تثبیت کننده: بسط مدل تکامل تطبیقی Ostein-Uhlenbeck. Evolution: Inteational Joual of Organic Evolution , 66 ( 8 ), 2369 2383 . CrossRefGoogle ScholarPubMed

Beerli, P., & Felsenstein, J. (2001). برآورد حداکثر احتمال یک ماتریس مهاجرت و اندازه جمعیت موثر در n زیرجمعیت با استفاده از رویکرد ادغام. مجموعه مقالات آکادمی ملی علوم، 98 (8)، 4563 4568. doi: https://doi.org/10. 1073/pnas. 081068098CrossRefGoogle ScholarPubMed

بوکارت، R. R.، Vaughan، T. G.، Barido-Sottani، J.، و همکاران.(2019). BEAST 2. 5: یک پلت فرم نرم افزاری پیشرفته برای تحلیل تکاملی بیزی. PLoS Computational Biology, 15 (4), 1 28. doi: https://doi.org/10. 1371/joual. pcbi. 1006650CrossRefGoogle ScholarPubMed

برندلی، ام سی، لیچ، ای. آیا پیشین های کلاد نابرابر برای فیلوژنتیک بیزی مشکل ساز هستند؟زیست شناسی سیستماتیک , 55 ( 1 ), 138 - 146 . CrossRefGoogle Scholar

برندلی، ام سی، اشمیتز، ا.، و ریدر، تی دبلیو (2005). تجزیه و تحلیل بیزی تقسیم بندی شده، انتخاب پارتیشن و روابط فیلوژنتیکی مارمولک های scincid. زیست شناسی سیستماتیک , 54 ( 3 ), 373 - 390 . CrossRefGoogle ScholarPubMed

Bromham ، L. ، Hua ، X. ، Lanfear ، R. ، & Cowman ، P. F. (2015). بررسی روابط بین میزان جهش ، تاریخچه زندگی ، اندازه ژنوم ، محیط و غنای گونه ها در گیاهان گل. The Naturalist American ، 185 (4) ، 507 - 524 . CrossrefGoogle ScholarPubmed

Bromham ، L. ، Rambaut ، A. ، & Harvey ، P. H. (1996). عوامل تعیین کننده تغییر نرخ در تکامل توالی DNA پستانداران. مجله تکامل مولکولی ، 43 (6) ، 610 - 621 . crossrefgoogle ScholarPubmed

Brown ، J. ، & Eldabaje ، R. (2009). PUMA: تجزیه و تحلیل بیزی از کفایت مدل تقسیم شده (و غیرقانونی). Bioinformatics ، 25 (4) ، 537 - 538 . crossrefgoogle ScholarPubmed

براون ، جی. م. (2014). رویکردهای پیش بینی کننده برای ارزیابی تناسب مدلهای تکاملی. زیست شناسی سیستماتیک ، 63 (3) ، 289 - 292 . crossrefgoogle ScholarPubmed

باتلر ، م. A. ، و کینگ ، A. A. (2004). تجزیه و تحلیل مقایسه ای فیلوژنتیک: یک رویکرد مدل سازی برای تکامل تطبیقی. The Naturalist American ، 164 (6) ، 683 - 695 . CrossrefGoogle ScholarPubmed

De Baets ، K. ، Antonelli ، A. ، & Donoghue ، P. C. (2016). بلوک های تکتونیکی و ساعتهای مولکولی. معاملات فلسفی انجمن سلطنتی B: علوم بیولوژیکی ، 371 (1699) ، 20160098 . CrossRefGoogle ScholarPubmed

De Queoz ، K. (1985). روش آنتوژنتیک برای تعیین قطبیت شخصیت و ارتباط آن با سیستماتیک فیلوژنتیک. جانورشناسی منظم ، 34 (3) ، 280 - 299 . CrossRefGoogle Scholar

Dos Reis ، M. ، Donoghue ، P. C. ، & Yang ، Z. (2016). ساعت مولکولی بیزی قدمت واگرایی گونه ها در دوره ژنومیک. Nature Review Genetics ، 17 (2) ، 71 . crossrefgoogle ScholarPubmed

Dos Reis ، M. ، & Yang ، Z. (2013). عدم اطمینان غیرقابل تحمل تخمین زمان واگرایی بیزی. مجله سیستماتیک و تکامل ، 51 (1) ، 30 - 43 . CrossRefGoogle Scholar

Drummond ، A. J. ، Ho ، S. Y. ، Phillips ، M. ، & Rambaut ، A. (2006). فیلوژنتیک آرام و دوستیابی با اعتماد به نفس. زیست شناسی PLOS ، 4 (5) ، E88 . CrossRefGoogle Scholar

Drummond ، A. J. ، & Rambaut ، A. (2007). جانور: تجزیه و تحلیل تکاملی بیزی درختان نمونه برداری. زیست شناسی تکاملی BMC ، 7 ، 214 . crossrefgoogle ScholarPubmed

Drummond ، A. J. ، & Suchard ، M. (2010). ساعتهای محلی تصادفی بیزی ، یا یک نرخ برای رد همه آنها. BMC Biology ، 8 (1) ، 114 . crossrefgoogle ScholarPubmed

Drummond ، A. J. ، Rambaut ، A. ، Shapiro ، B. ، & Pybus ، O. G. (2005). استنباط همسایگی بیزی از پویایی جمعیت گذشته از توالی های مولکولی. زیست شناسی مولکولی و تکامل ، 22 (5) ، 1185 - 1192. doi: https://doi.org/10. 1093/molbev/msi103crossrefgoogle ScholarPubmed

Drummond ، A. J. ، & Stadler ، T. (2016). برآورد فیلوژنتیک بیزی از سنین فسیلی. معاملات فلسفی انجمن سلطنتی B: علوم بیولوژیکی ، 371 (1699) ، 20150129 . CrossRefGoogle ScholarPubmed

Duchêne ، D. A. ، Duchêne ، S. ، Holmes ، E. C. ، & Ho ، S. Y. (2015). ارزیابی کفایت مدلهای ساعت مولکولی با استفاده از شبیه سازی های پیش بینی خلفی. زیست شناسی مولکولی و تکامل ، 32 (11) ، 2986 - 2995 . crossrefgoogle ScholarPubmed

Du Plessis ، L. ، & Stadler ، T. (2015). رسیدن به ریشه گسترش اپیدمی با تجزیه و تحلیل فیلودینامیکی داده های ژنومی. روند میکروبیولوژی ، 23 (7) ، 383 - 386 . CrossrefGoogle ScholarPubmed

Felsenstein ، J. (1973). برآورد حداکثر احتمال درختان تکاملی از شخصیت های مداوم. مجله آمریکایی ژنتیک انسانی ، 25 (5) ، 471 - 92. Google ScholarPubmed

Felsenstein ، J. (1981). درختان تکاملی از توالی DNA: یک رویکرد حداکثر احتمال. مجله تکامل مولکولی ، 17 (6) ، 368 - 376 . crossrefgoogle ScholarPubmed

Felsenstein ، J. (1985). فیلوژنی ها و روش مقایسه ای. طبیعت گرای آمریکایی ، 1 - 15 . CrossrefGoogle Scholar

Gaut ، B. S. ، Muse ، S. V. ، Clark ، W. D. ، & Clegg ، M. T. (1992). نرخ نسبی جایگزینی نوکلئوتید در محل RBCL گیاهان مونوکوتیلون. مجله تکامل مولکولی ، 35 (4) ، 292 - 303 . CrossRefGoogle Scholar

Gavryushkina ، A. ، Heath ، T. A. ، Ksepka ، D. T. ، et al.(2017). قدمت توتالوی بیزی ، تابش تاج اخیر پنگوئن ها را نشان می دهد. زیست شناسی سیستماتیک ، 66 (1) ، 57 - 73. Google ScholarPubmed

Gavryushkina ، A. ، Welch ، D. ، Stadler ، T. ، & Drummond ، A. J. (2014). استنباط بیزی از درختان اجداد نمونه برداری شده برای اپیدمیولوژی و کالیبراسیون فسیلی. زیست شناسی محاسباتی PLOS ، 10 (12) ، E1003919. CrossrefGoogle ScholarPubmed

Gehard ، T. (2008). فرآیند بازسازی شده شرطی. مجله زیست شناسی نظری ، 253 (4) ، 769 - 778 . crossrefgoogle ScholarPubmed

Gingerich ، P. D. (1993). کمیت و مقایسه نرخ تکاملی. مجله علوم آمریکایی ، 293 (الف) ، 453 . CrossrefGoogle Scholar

Goloboff, P. A., Mattoni, C. I., & Quinteros, A. S. (2006). شخصیت های پیوسته به این صورت تحلیل می شوند. Cladistics , 22 ( 6 ), 589 - 601 . CrossRefGoogle Scholar

Hansen, T. F. (1997). تثبیت انتخاب و تحلیل تطبیقی انطباق. Evolution , 51 ( 5 ), 1341 1351 . Google ScholarPubMed

هریسون، ال بی، و لارسون، اچ سی (2015). در میان توزیع های تنوع نرخ کاراکتر در تجزیه و تحلیل فیلوژنتیکی صفات مورفولوژیکی گسسته. زیست شناسی سیستماتیک , 64 ( 2 ), 307 - 324 . CrossRefGoogle ScholarPubMed

Hasegawa, M., Kishino, H., & Yano, T. (1985). تاریخ گذاری تقسیم انسان و میمون توسط یک ساعت مولکولی DNA میتوکندری. Joual of Molecular Evolution , 22 ( 2 ), 160 - 174 . CrossRefGoogle ScholarPubMed

هیث، تی اِی (2012). یک مدل بیزی سلسله مراتبی برای کالیبراسیون تخمین های زمان واگرایی گونه ها. زیست شناسی سیستماتیک، 61 (5)، 793 - 809. CrossRefGoogle ScholarPubMed

هیث، تی آ، هوئلسنبک، جی پی، و استدلر، تی (2014). فرآیند تولد-مرگ فسیل شده برای کالیبراسیون منسجم برآوردهای زمان واگرایی. مجموعه مقالات آکادمی ملی علوم , 111 ( 29 ), E2957 E2966 . CrossRefGoogle ScholarPubMed

Heled, J., & Bouckaert, R. R. (2013). به دنبال درختان در جنگل: خلاصه درخت از نمونه های عقبی. BMC Evolutionary Biology , 13 ( 1 ), 221 . CrossRefGoogle ScholarPubMed

هلد، جی، و دراموند، ای جی (2010). استنتاج بیزی درختان گونه از داده های چند منبعی. زیست شناسی مولکولی و تکامل , 27 ( 3 ), 570 . CrossRefGoogle ScholarPubMed

هلد، جی، و دراموند، ای جی (2012). پیشینه های درختی کالیبره شده برای فیلوژنتیک آرام و تخمین زمان واگرایی. زیست شناسی سیستماتیک , 61 ( 1 ), 138 - 149 . CrossRefGoogle ScholarPubMed

Ho, S. Y., & Phillips, M. J. (2009). محاسبه عدم قطعیت کالیبراسیون در تخمین فیلوژنتیکی زمان های واگرایی تکاملی. زیست شناسی سیستماتیک , 58 ( 3 ), 367 - 380 . CrossRefGoogle ScholarPubMed

هو، S. Y., تانگ , کی جی , فاستر , سی اس , و همکاران.(2015). کالیبراسیون های جغرافیایی زیستی برای ساعت مولکولیBiology Letters , 11 ( 9 ), 20150194 . CrossRefGoogle ScholarPubMed

Höhna, S., Coghill, L. M., Mount, G. G., Thomson, R. C., & Brown, J. M. (2017). P3: پیش بینی خلفی فیلوژنتیک در RevBayes. زیست شناسی مولکولی و تکامل، 35 (4)، 1028 - 1034. doi: https://doi.org/10. 1093/molbev/msx286CrossRefGoogle Scholar

Höhna ، S. ، Heath ، T. A. ، Boussau ، B. ، et al.(2014). نمایندگی مدل گرافیکی احتمالی در فیلوژنتیک. زیست شناسی سیستماتیک ، 63 (5) ، 753 - 771. doi: https://doi.org/10. 1093/sysbio/syu039crossrefgoogle ScholarPubmed

Höhna ، S. ، Landis ، M. J. ، Heath ، T. A. ، et al.(2016). Revbayes: استنتاج فیلوژنتیک بیزی با استفاده از مدلهای گرافیکی و یک زبان مشخص کننده مدل تعاملی. زیست شناسی سیستماتیک ، 65 (4) ، 726 - 736. doi: https://doi.org/10. 1093/sysbio/syw021crossrefgoogle Scholar

Höhn ، S. ، Stadler ، T. ، Ronquist ، F. ، & Britton ، T. (2011). میزان استنباط و میزان انقراض در طرح های نمونه گیری گونه های مختلف. زیست شناسی مولکولی و تکامل ، 28 (9) ، 2577 - 2589 . CrossRefGoogle Scholar

دارنده ، م. ، و لوئیس ، P. O. (2003). تخمین فیلوژنی: رویکردهای سنتی و بیزی. Nature Review Genetics ، 4 (4) ، 275 . crossrefgoogle ScholarPubmed

هلند ، س. م. (1995). توزیع چینه شناسی فسیل ها. دیرینه شناسی ، 21 (1) ، 92 - 109. doi: https://doi.org/10. 1017/s0094837300013099CrossRefGoogle Scholar

هاپکینز ، M. J. ، Bapst ، D. W. ، Simpson ، C. ، & Waock ، R. C. M. (2018). جدایی ناپذیری نمونه برداری و زمان و تأثیر آن در تلاش برای متحد کردن سوابق مولکولی و فسیلی. Paleobiology ، 44 (4) ، 561 - 574 . CrossrefGoogle Scholar

Huelsenbeck ، J. P. ، Larget ، B. ، Miller ، R. ، & Ronquist ، F. (2002). کاربردهای بالقوه و مشکلات استنباط بیزی از فیلوژنی. زیست شناسی سیستماتیک ، 51 (5) ، 673 - 688 . crossrefgoogle ScholarPubmed

Huelsenbeck ، J. P. ، & Ronquist ، F. (2001). MRBAYES: استنباط بیزی از درختان فیلوژنتیک. Bioinformatics ، 17 (8) ، 754 - 755 . crossrefgoogle ScholarPubmed

Jarvis ، E. D. ، Mirarab ، S. ، Aberer ، A. J. ، et al.(2014). تجزیه و تحلیل های ژنوم کل شاخه های اولیه را در درخت زندگی پرندگان مدرن برطرف می کنند. علوم ، 346 (6215) ، 1320 - 1331 . CrossrefGoogle ScholarPubmed

Jukes ، T. ، & Cantor ، C. (1969). تکامل مولکول های پروتئین. متابولیسم پروتئین پستانداران ، 3 ، 21 - 132 . CrossrefGoogle Scholar

کندال ، D. G. (1948). در فرآیند "تولد و مرگ" عمومی. سالنامه های آمار ریاضی ، 19 (1) ، 1 - 15 . CrossRefGoogle Scholar

کیمورا ، م. (1980). یک روش ساده برای برآورد نرخ تکاملی جایگزینی های پایه از طریق مطالعات مقایسه ای توالی نوکلئوتید. مجله تکامل مولکولی ، 16 (2) ، 111 - 120. Google ScholarPubmed

King ، B. ، Qiao ، T. ، Lee ، M. S. Y. ، Zhu ، M. ، & Long ، J. A. (2016). روشهای ساعت مورفولوژیکی بیزی به صورت تکفیلی placoderm را زنده می کند و تکامل سریع اولیه را در مهره های فک نشان می دهد. زیست شناسی سیستماتیک ، 66 (4) ، 499 - 516. doi: https://doi.org/10. 1093/sysbio/syw107google Scholar

Kingman ، J. F. C. (1982). در مورد تبارشناسی جمعیت های بزرگ. مجله احتمال کاربردی ، 19 ، 27 - 43 . CrossRefGoogle Scholar

Kishino ، H. ، Thoe ، J. L. ، & Bruno ، W. J. (2001). عملکرد یک روش تخمین زمان واگرایی تحت یک مدل احتمالی تکامل نرخ. زیست شناسی مولکولی و تکامل ، 18 (3) ، 352 - 361 . CrossRefGoogle Scholar

Klopfstein ، S. ، Ryser ، R. ، Corio ، M. ، & Spasejovic ، T. (2019). عدم تطابق مدل مورفولوژی عمدتاً در قدمت آگاهی از کل غیرممکن است: بینش از یک مطالعه شبیه سازی گسترده. Biorxiv ، 679084. Google Scholar

Kühnert ، D. ، Stadler ، T. ، Vaughan ، T. G. ، & Drummond ، A. J. (2016). فیلودینامیک با مهاجرت: یک چارچوب محاسباتی برای تعیین کمیت ساختار جمعیت از داده های ژنومی. زیست شناسی مولکولی و تکامل ، 33 (8) ، 2102 - 2116 . crossrefgoogle ScholarPubmed

Landis ، M. J. (2017). قدمت بیوگرافی از زمان زایمان با استفاده از فرآیندهای آگاهانه پالئوگئو. زیست شناسی سیستماتیک ، 66 (2) ، 128 - 144. doi: https://doi.org/10. 1093/sysbio/syw040google ScholarPubmed

Landis ، M. J. ، Freyman ، W. A. ، & Baldwin ، B. G. (2019). علی رغم عدم اطمینان فیلوژنتیک ، بیوگرافی و پالئوگرافیک ، تابش های نقره ای هاوایی را به وجود می آورد. تکامل ، 72 (11) ، 2343 - 2359 . CrossRefGoogle Scholar

Landis ، M. J. ، Schraiber ، J. G. ، & Liang ، M. (2013). تجزیه و تحلیل فیلوژنتیک با استفاده از فرآیندهای لوی: یافتن پرش در تکامل صفات مداوم. زیست شناسی سیستماتیک ، 62 (2) ، 193 - 204 . crossrefgoogle ScholarPubmed

Leaché ، A. D. ، Banbury ، B. L. ، Felsenstein ، J. ، de Oca ، A. n. M. ، & Stamatakis ، A. (2015). درخت کوتاه ، درخت بلند ، درخت راست ، درخت اشتباه: اصلاحات تعصب جدید برای استنباط فیلوژنی های SNP. زیست شناسی سیستماتیک ، 64 (6) ، 1032 - 1047 . crossrefgoogle ScholarPubmed

لی ، M. S. Y.، Cau ، A. ، Naish ، D. ، & Dyke ، G. J.(2014). ساعتهای مورفولوژیکی در دیرینه شناسی ، و منشأ میانی کرتاسه تاج. زیست شناسی سیستماتیک ، 63 (3) ، 442 - 449. doi: https://doi.org/10. 1093/sysbio/syt110crossrefgoogle Scholar

لوئیس ، P. O. (2001). یک رویکرد احتمال تخمین فیلوژنی از داده های شخصیت مورفولوژیکی گسسته. زیست شناسی سیستماتیک ، 50 (6) ، 913 - 925 . crossrefgoogle ScholarPubmed

لیو ، ل. (2008). بهترین: تخمین بیزی از درختان گونه تحت مدل همسایگی. Bioinformatics ، 24 (21) ، 2542 - 2543 . CrossrefGoogle ScholarPubmed

Maddison ، W. P. ، & Knowles ، L. L. (2006). استنباط فیلوژنی علیرغم مرتب سازی ناقص اصل و نسب. زیست شناسی سیستماتیک ، 55 (1) ، 21 - 30 . CrossrefGoogle ScholarPubmed

Mashayekhi ، S. ، & Beerli ، P. (2019). انسجام کسری. مجموعه مقالات آکادمی ملی علوم ، 116 (13) ، 6244 - 6249.www. pnas.org/content/116/13/6244 doi: https://doi.org/10. 1073/pnas. 1810239116crossrefgoogle ScholarPubmed

Matschiner ، M. ، Musilová ، Z. ، Barth ، J. M. ، Starostová ، Z. ، Salzburger ، W. ، Steel ، M. ، & Bouckaert ، R. R. (2017). تخمین فیلوژنتیک بیزی از سنین کلاد از پراکندگی ترانس اقیانوس اطلس ماهی های سیکلید پشتیبانی می کند. زیست شناسی سیستماتیک ، 66 (1) ، 3 - 22. Google ScholarPubmed

Matzke ، N. J. ، & Wright ، A. (2016). استنباط خرما از تاریخ نوک در فسیل Canidae: اهمیت مقدمات درخت. نامه های زیست شناسی ، 12 (8) ، 20160328 . crossrefgoogle ScholarPubmed

Mirarab ، S. ، Reaz ، R. ، Bayzid ، M. S. ، Zimmerma ، T. ، Swenson ، M. S. ، & Waow ، T. (2014). آسترال: تخمین درختان مبتنی بر همبستگی در مقیاس ژنوم. Bioinformatics ، 30 (17) ، I541 - I548 . CrossrefGoogle ScholarPubMed

Nascimento ، F. F. ، Dos Reis ، M. ، & Yang ، Z. (2017). راهنمای زیست شناس برای تجزیه و تحلیل فیلوژنتیک بیزی. Nature Ecology & Evolution ، 1 (10) ، 1446 - 1454 . crossrefgoogle ScholarPubmed

نگوین ، L.-T.، اشمیت ، H. A. ، فون هیزلر ، ا. ، و مین ، ب. س. (2014). IQ-Tree: یک الگوریتم تصادفی سریع و مؤثر برای برآورد فیلوژنی های حداکثر احتمال. زیست شناسی مولکولی و تکامل ، 32 (1) ، 268 - 274. doi: https://doi.org/10. 1093/molbev/msu300crossrefgoogle ScholarPubmed

Nylander ، J. A. ، Ronquist ، F. ، Huelsenbeck ، J. P. ، & Nieves-Aldrey ، J. (2004). تجزیه و تحلیل فیلوژنتیک بیزی داده های ترکیبی. زیست شناسی سیستماتیک ، 53 (1) ، 47 - 67 . CrossrefGoogle ScholarPubmed

Ogilvie ، H. A. ، Vaughan ، T. G. ، Matzke ، N. J. et al.(2018). استنباط درختان با استفاده از مدلهای یکپارچه تکامل گونه ها. Biorxiv ، 242875. Google Scholar

O'Reilly، J. E.، & Donoghue، P. C. (2018). اثربخشی روش های درخت اجماع برای خلاصه کردن روابط فیلوژنتیکی از نمونه خلفی درختان برآورد شده از داده های مورفولوژیکی. زیست شناسی سیستماتیک , 67 ( 2 ), 354 - 362 . CrossRefGoogle ScholarPubMed

O'Reilly, J. E., dos Reis, M., & Donoghue, P. C. (2015). نکات دوستیابی برای تخمین زمان واگرایی. Trends in Genetics , 31 ( 11 ), 637 650 . CrossRefGoogle ScholarPubMed

پرهام، ج. اف.، دونوگهو، پی سی، بل، سی. جی.، و همکاران.(2012). بهترین روش ها برای توجیه کالیبراسیون های فسیلیزیست شناسی سیستماتیک , 67 ( 2 ), 346 - 359 . CrossRefGoogle Scholar

Parins-Fukuchi, C. (2017). استفاده از صفات پیوسته می تواند فیلوژنتیک مورفولوژیکی را بهبود بخشد. زیست شناسی سیستماتیک , 67 ( 2 ), 328 - 339 . CrossRefGoogle Scholar

Paterson، J. R.، Edgecombe، G. D.، & Lee، M. S. Y. (2019). سرعت تکامل تریلوبیت مدت زمان انفجار کامبرین را محدود می کند. مجموعه مقالات آکادمی ملی علوم , 116 ( 10 ), 4394 4399 . CrossRefGoogle ScholarPubMed

پیترز، اس ای. (2005، آگوست). محدودیت های زمین شناسی در تاریخ تکاملی کلان حیوانات دریایی. مجموعه مقالات آکادمی ملی علوم , 102 ( 35 ), 12326 12331 . doi: https://doi.org/10. 1073/pnas. 0502616102CrossRefGoogle ScholarPubMed

Ronquist, F., & Huelsenbeck, J. P. (2003). MrBayes 3: استنتاج فیلوژنتیک بیزی تحت مدل های مختلط. بیوانفورماتیک , 19 ( 12 ), 1572 1574 . CrossRefGoogle ScholarPubMed

Ronquist, F., Huelsenbeck, J. P., & Britton, T. (2004). ابردرختان بیزیابردرختان فیلوژنتیک: ترکیب اطلاعات برای آشکار کردن درخت زندگی، 3، 193 - 224. CrossRefGoogle Scholar

Ronquist, F., Klopfstein, S., Vilhelmsen, L., et al.(2012). یک رویکرد کاملاً شواهد برای قدمت گذاری با فسیل ها، به کار رفته در تابش اولیه Hymenoptera. زیست شناسی سیستماتیک , 61 ( 6 ), 973 - 999 . CrossRefGoogle ScholarPubMed

Schrago, C., Mello, B., & Soares, A. (2013). ترکیب داده های فسیلی و مولکولی برای تاریخ تنوع پستانداران جهان جدید. Joual of Evolutionary Biology , 26 ( 11 ), 2438 2446 . CrossRefGoogle ScholarPubMed

Silvestro, D., Schnitzler, J., Liow, L. H., Antonelli, A., & Salamin, N. (2014). تخمین بیزی گونه زایی و انقراض از داده های وقوع فسیلی ناقص. زیست شناسی سیستماتیک، 63 (3)، 349 - 367، doi: https://doi.org/10. 1093/sysbio/syu006. CrossRefGoogle ScholarPubMed

اسلاتر، جی جی (2015). تشعشعات تطبیقی تکرار شونده سگ های فسیلی هیچ مدرکی برای تکامل صفت وابسته به تنوع نشان نمی دهد. مجموعه مقالات آکادمی ملی علوم، 112 (16)، 4897 4902.www. pnas.org/content/112/16/4897 doi: https://doi.org/10. 1073/pnas. 1403666111CrossRefGoogle ScholarPubMed

Song, S., Liu, L., Edwards, S. V., & Wu, S. (2012). حل تعارض در فیلوژنی پستانداران اتری با استفاده از فیلوژنومیک و مدل ادغام چند گونه. مجموعه مقالات آکادمی ملی علوم، 109 ( 37 )، 14942 - 14947 . CrossRefGoogle ScholarPubMed

Soul, L. C., & Friedman, M. (2015). تاکسونومی و فیلوژنی می توانند نتایج قابل مقایسه ای را در تحلیل های دیرینه شناسی مقایسه ای به دست آورند. زیست شناسی سیستماتیک، 64 (4)، 608 - 620. CrossRefGoogle ScholarPubMed

Stadler, T. (2009). در نمونه برداری ناقص تحت مدل های تولد-مرگ و اتصالات به ادغام مبتنی بر نمونه برداری. Joual of Theoretical Biology , 261 ( 1 ), 58 66 . CrossRefGoogle ScholarPubMed

Stadler, T. (2010). نمونه برداری در طول زمان در درختان تولد-مرگ. Joual of Theoretical Biology , 267 ( 3 ), 396 404 . CrossRefGoogle ScholarPubMed

Stadler, T. (2011). فیلوژنی پستانداران تغییرات نرخ تنوع اخیر را نشان می دهد. مجموعه مقالات آکادمی ملی علوم , 108 ( 15 ), 6187 6192 . CrossRefGoogle ScholarPubMed

Stadler, T., Gavryushkina, A., Waock, R. C. M., Drummond, A. J., & Heath, T. A. (2018). مدل فسیل شده تولد-مرگ برای تجزیه و تحلیل داده های محدوده چینه شناسی تحت حالت های گونه زایی مختلف. Joual of Theoretical Biology , 447 , 41 55 . CrossRefGoogle ScholarPubMed

Stadler, T., Kühnert, D., Bonhoeffer, S., & Drummond, A. J. (2013). نمودار خط افق مرگ تولد تغییرات زمانی شیوع همه گیر را در ویروس HIV و هپاتیت C (HCV) نشان می دهد. مجموعه مقالات آکادمی ملی علوم , 110 ( 1 ), 228 233 . CrossRefGoogle Scholar

Stamatakis, A. (2014). RAxML نسخه 8: ابزاری برای تجزیه و تحلیل فیلوژنتیک و پس از آنالیز فیتوژن های بزرگ. بیوانفورماتیک , 30 ( 9 ), 1312 1313 . doi: https://doi.org/10. 1093/bioinformatics/btu033CrossRefGoogle Scholar

Suchard, M. A., Lemey, P., Baele, G., et al.(2018). ادغام داده های فیلوژنتیک و فیلودینامیک بیزی با استفاده از BEAST 1. 10. تکامل ویروس , 4 ( 1 ). doi: https://doi.org/10. 1093/ve/vey016 doi: 10. 1093/ve/vey016CrossRefGoogle ScholarPubMed

Swofford ، D. L. (2003). PAUP*. تجزیه و تحلیل فیلوژنتیک با استفاده از پارسیمونی (*و روش های دیگر). نسخه 4. همکاران Sinauer ، ساندرلند ، ماساچوست. doi: https://paup. phylosolutions.com/documentation/faq/ Google Scholar

Tavaré ، S. (1986). برخی از مشکلات احتمالی و آماری در تجزیه و تحلیل توالی DNA. برخی از سؤالات ریاضی در زیست شناسی: تجزیه و تحلیل توالی DNA ، 17 ، 57 - 86. Google Scholar

Thomas ، J. A. ، Welch ، J. J. ، Woolfit ، M. ، & Bromham ، L. (2006). هیچ ساعت مولکولی جهانی برای بی مهرگان وجود ندارد ، اما تغییر نرخ با اندازه بدن مقیاس نمی یابد. مجموعه مقالات آکادمی ملی علوم ، 103 (19) ، 7366 - 7371 . CrossRefGoogle Scholar

تامپسون ، E. (1975). درختان تکاملی انسان. کمبریج: انتشارات دانشگاه کمبریج. Google Scholar

Thoe ، J. L. ، Kishino ، H. ، & Painter ، I. S. (1998). تخمین میزان تکامل نرخ تکامل مولکولی. زیست شناسی مولکولی و تکامل ، 15 ، 1647 - 1657 . crossrefgoogle ScholarPubmed

Thoe ، J. L. ، & Kishino ، H. (2002). زمان واگرایی و برآورد نرخ تکاملی با داده های Multilocus. زیست شناسی سیستماتیک ، 51 (5) ، 689 - 702 . crossrefgoogle ScholarPubmed

واگنر ، P. J. (2011). توزیع نرخ مدل سازی با استفاده از سازگاری شخصیت: پیامدهای تکامل مورفولوژیکی در بین بی مهرگان فسیلی. نامه های زیست شناسی ، 8 (1) ، 143 - 146. Google ScholarPubmed

Waock ، R. C. M. ، Heath ، T. A. ، & Stadler ، T. (2020). ارزیابی تأثیر نمونه گیری گونه های ناقص بر برآورد میزان زایمان و نرخ انقراض. Paleobiology ، 46 (2) ، 137 - 157 ، doi: https://doi.org/10. 1017/pab. 2020. 12crossrefgoogle Scholar

Waock ، R. C. M. ، Parham ، J. F. ، Joyce ، W. G. ، Lyson ، T. R. ، & Donoghue ، P. C. (2015). عدم قطعیت کالیبراسیون در تجزیه و تحلیل دوستیابی مولکولی: هیچ جایگزینی برای ارزیابی قبلی مقدمات زمان وجود ندارد. مجموعه مقالات انجمن سلطنتی ب: علوم بیولوژیکی ، 282 (1798) ، 20141013 . CrossRefGoogle ScholarPubmed

Waock ، R. C. M.، Yang ، Z. ، & Donoghue ، P. C.(2017). آزمایش ساعت مولکولی با استفاده از مدلهای مکانیکی حفظ فسیلی و تکامل مولکولی. مجموعه مقالات انجمن سلطنتی ب: علوم بیولوژیکی ، 284 (1857) ، 20170227 . CrossRefGoogle ScholarPubmed

Watrous ، L. E. ، & Wheeler ، Q. D. (1981). روش مقایسه خارج از گروه تجزیه و تحلیل شخصیت. SystematicBiology ، 30 (1) ، 1 - 11. Google Scholar

Wood ، H. M. ، Matzke ، N. J. ، Gillespie ، R. G. ، & Griswold ، C. E. (2013). درمان فسیل ها به عنوان گونه های ترمینال در برآورد زمان واگرایی ، الگوهای ویکاریانس باستانی را در عنکبوتهای پالپیمانوئید نشان می دهد. زیست شناسی سیستماتیک ، 62 (2) ، 264 - 284 . CrossrefGoogle ScholarPubmed

رایت ، A. M. (2019). راهنمای سیستماتیک برای برآورد فیتوژن های بیزی از داده های مورفولوژیکی. سیستماتیک و تنوع حشرات ، 3 (3). doi: https://doi.org/10. 1093/isd/ixz006crossrefgoogle Scholar

Wright ، A. M. ، Lloyd ، G. T. ، & Hillis ، D. M. (2016). شخصیت مدل سازی ناهمگونی را در تجزیه و تحلیل فیلوژنتیک مورفولوژی از طریق استفاده از مقدمات تغییر می دهد. زیست شناسی سیستماتیک ، 65 (4) ، 602 - 611 . CrossrefGoogle ScholarPubmed

رایت ، D. F. (2017). نوآوری فنوتیپی و محدودیت های تطبیقی در تابش تکاملی کرینوئیدهای پالئوزوئیک. گزارش های علمی ، 7 (1) ، 13745. doi: https://doi.org/10. 1038/s41598-017-13979-9crossrefgoogle ScholarPubmed

Wright ، D. F. ، & Toom ، U. (2017). کرینوئیدهای جدید از منطقه بالتیک (استونی): فیلوژنتیک فسیلی به نوبه خود ، مبدا و تنوع اربابین-سیلوریایی از Flexibilia (Echinoder-Mata) را محدود می کند. Palaeontology ، 60 (6) ، 893 - 910. doi: https://onlinelibrary. wiley.com/doi/abs/10. 1111/pala. 12324crossrefgoogle Scholar

Xie ، W. ، Lewis ، P. O. ، Fan ، Y. ، Kuo ، L. ، & Chen ، M. (2011). بهبود برآورد احتمال حاشیه برای انتخاب مدل فیلوژنتیک بیزی. زیست شناسی سیستماتیک ، 60 (2) ، 150 - 160 . crossrefgoogle ScholarPubmed

Xu ، B. ، & Yang ، Z. (2016). چالش در برآورد درخت گونه ها تحت مدل همسایگی MultiSpecies. ژنتیک ، 204 (4) ، 1353 - 1368 . crossrefgoogle ScholarPubmed

یانگ ، ز. (1994). حداکثر احتمال تخمین فیلوژنتیک از توالی DNA با نرخ متغیر در سایت ها: روش های تقریبی. مجله تکامل مولکولی ، 39 (3) ، 306 - 314 . CrossrefGoogle ScholarPubmed

یانگ ، ز. (2007). PAML 4: تجزیه و تحلیل فیلوژنتیک با حداکثر احتمال. زیست شناسی مولکولی و تکامل ، 24 (8) ، 1586 - 1591. doi: https://doi.org/10. 1093/molbev/msm088crossrefgoogle ScholarPubmed

Yang ، Z. ، & Raala ، B. (1997). استنتاج فیلوژنتیک بیزی با استفاده از توالی DNA: یک روش زنجیره ای مارکس مونت کارلو. زیست شناسی مولکولی و تکامل ، 14 (7) ، 717 - 724 . crossrefgoogle ScholarPubmed

Yang, Z., & Raala, B. (2006). تخمین بیزی زمان های واگرایی گونه ها تحت یک ساعت مولکولی با استفاده از کالیبراسیون های فسیلی متعدد با کران های نرم. زیست شناسی مولکولی و تکامل، 23 (1)، 212 - 226. doi: https://doi.org/10. 1093/molbev/msj024CrossRefGoogle Scholar

Yang, Z., & Raala, B. (2012). فیلوژنتیک مولکولی: اصول و عمل. Nature Reviews Genetics , 13 ( 5 ), 303 314 . CrossRefGoogle ScholarPubMed

Yoder, A. D., & Yang, Z. (2000). تخمین تاریخ گونه زایی پستانداران با استفاده از ساعت های مولکولی محلی. زیست شناسی مولکولی و تکامل، 17 (7)، 1081 - 1090. CrossRefGoogle ScholarPubMed

Yule, G. (1925). یک نظریه ریاضی تکامل، بر اساس نتایج دکتر جی سی ویلیس، FRS. معاملات فلسفی انجمن سلطنتی لندن. Series B , 213 , 21 87 . Google Scholar

Zhang, C., Stadler, T., Klopfstein, S., Heath, T. A., & Ronquist, F. (2016). تاریخ یابی کل شواهد تحت فرآیند تولد-مرگ فسیل شده. زیست شناسی سیستماتیک، 65 (2)، 228 - 249. doi: https://doi.org/10. 1093/sysbio/syv080CrossRefGoogle ScholarPubMed

Zuckerkandl, E., & Pauling, L. (1962). بیماری مولکولی، تکامل و ناهمگنی ژنتیکی. در Kasha, M. & Pullman, B. (Eds.), Horizons in biochemistry (ص 189-225). نیویورک: انتشارات آکادمیک. Google Scholar

Zuckerkandl, E., & Pauling, L. (1965). واگرایی و همگرایی تکاملی در پروتئین ها. ژن ها و پروتئین های در حال تکامل، 97، 97-166. CrossRefGoogle Scholar

Zwickl, D. J. (2006). رویکردهای الگوریتم ژنتیک برای تجزیه و تحلیل فیلوژنتیک مجموعه داده های توالی بیولوژیکی بزرگ تحت معیار حداکثر احتمال. پایان نامه دکتری منتشر نشده، دانشگاه تگزاس در آستین. Google Scholar

ذکر شده توسط

عنصر را در کیندل ذخیره کنید

برای ذخیره این عنصر در کیندل خود، ابتدا مطمئن شوید که [email protected] به فهرست ایمیل اسناد شخصی تایید شده شما در زیر تنظیمات سند شخصی شما در صفحه مدیریت محتوا و دستگاه های حساب آمازون شما اضافه شده است. سپس قسمت «نام» آدرس ایمیل Kindle خود را در زیر وارد کنید. درباره ذخیره در کیندل خود اطلاعات بیشتری کسب کنید.

توجه داشته باشید که می توانید ذخیره را در انواع @free. kindle.com یا @kindle.com انتخاب کنید. ایمیل های «@free. kindle.com» رایگان هستند، اما تنها زمانی می توانند در دستگاه شما ذخیره شوند که به وای فای متصل باشد. ایمیل های «@kindle.com» حتی زمانی که به وای فای متصل نیستید قابل تحویل هستند، اما توجه داشته باشید که هزینه های خدمات اعمال می شود.